La cartografía para los programas de navegación electrónica se presenta en diferentes formatos según los datos que contienen (raster o vectorial) y la tecnología utilizada. Cada aplicación soporta diferentes formatos. Según el fabricante la compatibilidad de los diferentos archivos digitales es mas o menos restrictiva.

En todo caso no vale de nada un buen software de navegación electrónica si se utiliza con cartogrofía de baja calidad o desactualizada. Por ello una de las cosas a tener en cuenta al adquirir una aplicación de navegación electrónica es el formato de cartografía que utiliza, si soporta varios formatos y la calidad de los archivos, asi como si se actualiza regularmente.